Mario Fernández Baeza es abogado, Licenciado en Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad de Chile (1975). En la Universidad de Heidelberg estudió Ciencia Política, Derecho Internacional Público, Historia y Filosofía, obteniendo los títulos de Magister  (MA, 1977) y Doctor  (Dr. Phil, 1980) con calificación magna cum laude.

Después de desempeñarse en diversas organizaciones internacionales entre 1981 y 1988 (Naciones Unidas, OPS), asumió como subsecretario en el Ministerio de Defensa (Aviación y Guerra) entre 1990 y 1999, bajo los gobiernos de los presidentes Patricio Aylwin y Eduardo Frei Ruiz-Tagle.

El Presidente Ricardo Lagos lo designó Ministro de Defensa Nacional (2000), Ministro Secretario General de la Presidencia (2002) y Embajador en Alemania Federal (2003-2005). A fines de 2005, fue nombrado Ministro del Tribunal Constitucional por acuerdo unánime de ambas Cámaras del Congreso Nacional, cargo que ocupó hasta 2011.

Entre 2013 y 2014, fue Consejero del Instituto Nacional de Derechos Humanos, elegido por las Facultades de Derecho.

Entre 2014 y 2015 fue Embajador de Chile en Austria y el 1 de septiembre de 2015 presentó cartas credenciales ante el Presidente de Uruguay, señor Tabaré Vásquez.

Mario Fernández Baeza es autor de 4 libros de autoría exclusiva, el último de los cuales, con el título “La Constitución contra sí misma. Precariedad de derechos y reforma constitucional en Chile” (502 pág.), fue publicado por la Editorial Legal Publishing/Thomson Reuters, a fines de 2013. En otros 5 libros, se cuenta como coautor o coeditor. Ha publicado 70 artículos científicos sobre Derecho Público y Ciencia Política y más de un centenar de artículos periodísticos.

El 8 de junio de 2016, luego de la renuncia de Jorge Burgos, la Presidenta de la República lo designa como secretario de Estado a cargo de la cartera de Interior y Seguridad Pública.

El ministro Fernández es casado, tiene 3 hijos y 3 nietos.